Я думаю, что когда задание закачки создается, в нем по ходу пишутся всякие параметры. Там ведь и настройки есть, типа кол-во частей закачки, какого размера части сохранять на диске... Поэтому когда рвется закачка, все эти данные из задания вновь берутся, и докачка идет с места разъединения.
А что может дать простое копирование файлов в дирректорию? Ну валяются себе там файлы, так мастер о них ничего не знает. Это надо было полностью папку даунлоад мастера из програм файлов сохранять, и после инсталла сверху накатить. Тогда наверное все недокаченное подхватилось бы...