На гражданских судах разрешена военизированная охрана, но это не один-два человека, платить им надо чуть меньше, чем капитану + вооружить + кормить + развлекать (человек с оружием должен быть в нормальной психической форме). Поэтому на все корабли очень дорого такую охрану ставить. И если ставят - все равно что вывешивают объявление "везем ценный груз".
Думаю, в случае с "Фаиной" не хотели афишировать груз, поэтому не поставили охрану. А кто-то посвященных в секрет "сагитировал" пиратов на "подработку".
Вооружать экипаж - смысла нет, пираты, хоть и понесут потери, все равно возьмут судно (мотивация, опыт у пиратов выше). А потом тупо не будут просить выкуп, а пограбят и затопят.