1) исходники распаковщика публично доступны - можете посмотреть сами, как всё устроено.
2) при визуальном сравнении двух одинаковых зашифрованных архивов не обнаруживается никаких "лишних" байтов (в которых мог бы храниться ключ дешифрования архива, например в зашифрованном публичным ключом...