Нет всех подробностей.
Например, мое личное мнение, что спецслужбам противника доступен кусок информации, который касается "подопечных" номеров телефонов. И/или вообще всех номеров телефонов, которые обслуживаются в подконтрольном сегменте сети интернета. Я когда-то общался с разработчиком одного приложения, связанного с геолокацией. По его словам, "его" фирма именно так и работала этой страной - все, что касается этой страны, хранится в этой стране, и спецслужбы имеют доступ ко всему, что в их зоне. По словам разработчика, "это честно", "там такие законы, мы их не нарушаем".
Вот и представляем - поехал пользователь во враждебную страну, удалил нахрен все переписки (но не сам телеграм), поменял номер (об этом в статье ни слова но я бы предположил), ну и идентификатор телеги привязался к серверам, которые в той стране. А тут спецслужбы восстанавливают переписку. Потому что телеграм им доступ предоставил к "местным номерам", а идентификатор то "местный" стал.